grunt-usemin 替换不同目录下相同文件名的问题

我是先用 filerev 给 js 文件都加了 md5 ，然后用 grunt-usemin 去替换 js 文件里的 js 路径名。但是因为当前项目下有很多目录，每个目录里面有相同的 js 文件名。
像这样：

filerev 前：       filerev 后：
-app                -app
 -config.js          -config.js
 -main.js            -main.123.js
-app2               -app2
 -config.js          -config.js
 -main.js            -main.456.js
-app3               -app3
 -config.js          -config.js
 -main.js            -main.789.js

config.js 里有 main.js 这个文件的路径(app/main.js)。在用 usemin 去替换 config 里 mian.js 路径的时候，三个 app 目录下 config.js 里都被替换成了(app/main.123.js,app2/main.123.js,app3/main.123.js)。这并不是我想要的，我想要的效果是这样的：(app/main.123.js,app2/main.456.js,app3/main.789.js)。不知道是自己写错了还是这个插件有 bug 。