请教关于 Spring Data JPA 表关系映射和多表查询的正确姿势

之前在个人项目中用到了 jpa 来作为持久层，优点很明显，前期基础功能的开发很快，api 也简单易懂。

在涉及到一些多表的关联查询时，目前是通过 JpaSpecificationExecutor 接口提供的功能来实现，代价是让实体做了多层嵌套

//例如部门和员工，一对多的关系
public class Department {
}
public class Employee {
    ...
    @ManyToOne
    private Department department;
    ...
}

这样嵌套之后，问题也很明显。比如要新增一条数据

public void addEmployee(){
        Employee employee = new Employee();
        Department department = new Department();
        department.setId(666);
        employee.setDepartment(department);
        save(employee);
    }

明显代码不够美观，还存在很多空指针的隐患。

想请教一下针对 jpa 的多表查询，有没有更好的实现方式？要求是，操作能完全面向对象，代码尽量简洁。

希望能得到一些建议，谢谢。